大骨节病的病因仍不清楚，主要有以下学说：

1.生物地球化学说：有研究表明低硒与大骨节病发病有关联，但仍有许多证据不支持低硒是大骨节病的特异致病因子。

2.粮食真菌毒素污染及其毒素中毒学说：我国杨建柏教授提出了T-2毒素是引起大骨节病的致病物质等。

3.饮水中有机物中毒学说：认为是病区饮水被植物残骸分解或腐殖质污染形成的有机物污染而致人体发生的一种慢性中毒性疾病。